Az NFÜ-nél 44,2 millió forint saját bevétel és 2,28 milliárd forint támogatás mellett 2,33 milliárd forint kiadási főösszeggel számolnak 2010-ben. Az uniós fejlesztések fejezet szöveges indoklása rámutat: a 156,8 millió forintos támogatás csökkenésből 71 millió forint a 2009-es zárolásokból, további  85,8 millió forint pedig a 2010-es járulékcsökkenésből adódik. A járulékcsökkenéseken belül 48,5 millió forint társadalombiztosítási járulék csökkenéssel, 32,3 millió forint munkaadói járulék csökkenéssel, illetve az egészségügyi hozzájárulás megszűnésének következményeként további 5 millió forintos csökkenéssel számoltak.  

A kiadási főösszegen belül a személyi juttatások 1.358,8 millió forintot, a járulékok pedig 334,8 millió forintot tesznek ki az engedélyezett létszámmal számolva. A 2010-re az intézménynél a tavalyival megegyezően az engedélyezett létszám 241 fő, ebből 228 köztisztviselő és 13 munkavállaló. A 2010. évi személyi juttatások előirányzata az előző évhez képest 25,7 millió forinttal csökken.   

Az ügynökség 2010-re 557,2 millió forintot tervez dologi és egyéb folyó kiadásra, ez 75,6 millió forinttal kevesebb, mint a 2009-es eredeti előirányzat. Ennek legfőbb oka a két ütemben megvalósított 2009. évi zárolás, összesen 71 millió forint értékben, mellyel a dologi és egyéb folyó kiadásokat csökkentik. Az intézményi felhalmozási kiadásokra előirányzott összeg 74,1 millió forint, ebből 64,2 millió forintot fordítanak beruházásra. Kölcsönnyújtásra 2010-ben 2,7 millió forintot tervez az NFÜ. Az intézmény bevételi előirányzatai 41 millió forinttal csökkentek a 2009. évi előirányzathoz képest.